Др Ивана Трбојевић се бави истраживањима из научне области Алгологија и њен досадашњи рад обухвата проучавање различитих аспеката заједница алги у перифитону, фитобентосу, фитопланктону, као и у биофилмовима у пећинским екосистемима. У њеном раду се истичу истраживања пршљенчица, са акцентом на таксономији, екологији, биогеографији и филогенији ових макроскопских зелених алги, укључујући и апект заштите врста и њихових станишта. Др Ивана Трбојевић је међу првима почела да спроводи молекуларна истраживања пршљенчица у Србији. Др Ивана Трбојевић се бави истраживањима диверзитета пршљенчица првенствено у малим и плитким слатководним екосистемима, како у вегетацији тако и у банци дијаспора у седименту. С обзиром да су репродуктивне структуре пршљенчица значајно заступљене у банци дијаспора у седименту и да дуго задржавају вијабилност, циљеви ових истраживања усмерени су на оцену потенцијала за ревитализацију диверзитета пршљенчица и њихових нарушених станишта.