Студијски програм мастер академских студија Екологија и заштита животне средине је једногодишњи академски програм у обиму од 60 ЕСПБ. Намењен је образовању и оспособљавању студената за научно-истаживачки и стручни рад у области екологије и заштите животне средине. Студијски програм обувтата три обавезна и 16 изборних предмета који студентима обезбеђују стицање додатних знања и вештина из специфичних области екологије. Најзначајнији циљеви студијског програма Екологија и заштита животне средине мастер академских студија су продубљивање знања о биолошкој разноврсности, њеној структури и међусобним интеракцијама живих организама  и  њиховим односом са животном средином, као и развој способности њихове примене у решавању актуелних проблема савремене цивилизације у области екологије и заштите животне средине. Свршени студенти студијског програма Екологија и заштита животне средине мастер академских студија поседују интегрисано биолошко знање, али и специфичне компетенције неопходне за научно-истраживачки и стручни рад у областима екологије и очувања животне средине. Стечено знање по завршетку ових студија обезбеђује компетентност и стручност за даље образовање на докторским судијама у земљи и иностранству, за рад у научним институтима, пољопривреди, шумарству и другим областима где се примењују знања из екологије.