Докторски студијски програм Екологија организује и реализује Биолошки факултет Универзитета у Београду, у сарадњи са стручњацима из других релевантних установа. Студијски програм носи укупно 180 ЕСПБ, траје 3 године и обухвата четири модула: Екологија биљака и фитогеографија, Екологија животиња и биогеографија, Конзервациона екологија и заштита животне средине и Хидроекологија. Орагнизују се два обавезна предмета који су јединствени за студијски програм и везани за израду докторске дисертације, пет обавезних семинара и рад на изради докторске дисертације. За све модуле организује се настава из већег броја изборних предмета који су организовани у јединствени изборни блок. За сваки модул је дефинисан један од изборних предмета као обавезан изборни за дати модул. Сваки студент у току студија стиче 45 ЕСПБ из изборних предмета. 

У договору са ментором студент може да бира изборне предмете и из других студијских програма које организује Биолошки факултет. Изборни део програма планира се према индивидуалним потребама кандидата, у зависности од претходног образовања и искуства.

Програм се остварује кроз: (1) активну наставу која обухвата предавања, друге видове интерактивне теоријске наставе и студијски истраживачки рад и (2) индивидуални рад студената.

Водећи наставник је задужен за организацију наставе у оквиру свог предмета. По правилу, водећи наставник ангажује више предавача од којих сваки реализује онај део програма датог предмета за који је научно компетентан. У зависности од околности ангажују се и гостујући предавачи из земље и иностранства.

Израду докторске дисертације сваког студента прати трочлана комисија у којој се поред ментора налазе још два члана. Улога ових комисија је да прате напредовање студената и помогну у реализацији њихових истраживачких програма.