Почеци Катедре за морфологију, систематику и филогенију животиња везују се за формирање Зоолошке катедре у оквиру Зоолошког завода на Великој школи у Београду. Потом је формирана Катедра за зоологију и физиологију (касније Катедра за зоологију) Биолошког одсека ПМФ. Седамдесетих година прошлог века катедра добија назив Катедра за упоредну морфологију и систематику животиња, а на катедри се уводе нови предмети и савремени облици наставе. Од 2002. године Катедра носи данашњи назив – Катедра за морфологију, систематику и филогенију животиња. За рад Катедре везују се имена познатих зоолога, др Живојина Ђорђевића, др Синише Станковића, др Милутина Радовановића, др Симеуна Грозданића и других.

Настава на основним академским студијама се изводи у оквиру обавезних предмета Анатомија и морфологија хордата, Систематика и филогенија хордата (студијске групе Биологија и Екологија), Зоологија бескичмењака и Зоологија кичмењака (студијска група Молекуларна биологија и физиологија), као и на већем броју изборних предмета. Чланови Катедре су укључени у менторски рад са студентима на предмету Стручно-истраживачки пројекат, као и у оквиру Центра за подршку развоја образовања.

Од увођења мастер студија, на Катедри су најпре постојала два образовна модула: Морфологија, систематика и филогенија зоолошких таксона (за студијску групу Биологија) и Акватична зоологија (за студијске групе Биологија и Екологија). Тренутно се мастер студије организују у сарадњи са две катедре Института за зоологију, на модулу Зоологија.

Катедра организује теренску наставу на основним академским студијама у оквиру предмета Теренски и лабораторијски практикум из биологије кичмењака као и на мастер студијама, у оквиру предмета Теренски и лабораторијски практикум.

Настава на докторским студијама је најпре била организована у оквиру студијског програма Морфологија, систематика и филогенија животиња, на два модула: Морфологија животиња и Систематика и филогенија животиња. Данас су докторске студије организоване у оквиру студијског програма Биологија са два модула: Зоологија и Рибарствена биологија са основама аквакултуре.

Чланови катедре су аутори и рецензенти више уџбеника, практикума и монографија. До 2019. године научне активности на Катедри су се одвијале у оквиру уже научне области Морфологија, систематика и филогенија животиња, а од тада се одвијају у оквиру уже научне области Зоологија.

Научна истраживања покривају област филогеније, еволуционе морфологије, популационе биологије и етологије, биологије појед група бески“ и .Врше се ипр истраживања у рибарственој и конзервационој биологији. Последњих година фокус научног рада је на примени молекуларних метода, метода компјутерске томографије, геометријске морфометрије и других савремених приступа у реконструкцији филогенетских односа и морфолошких промена. Део активности обавља се и у оквиру Центра за генотипизацију риболовних ресурса.

Катедра сарађује са великим бројем институција: Институт за биолошка истраживања „Синиша Станковић“, Институт за медицинска истраживања, Институт за биологију мора Универзитета Црне Горе, Институт „Руђер Бошковић“ Свеучилишта у Загребу, Холандски национални центар за биодиверзитет „Натуралис“ у Лајдену, Институт за биологију и екологију Бугарске академије наука, Хеленски центар за маринска истраживања, Институт „Јожеф Штефан“ и Биотехнички факултет Универзитета у Љубљани, Комениус Универзитет у Братислави, као и са универзитетима у Скопљу, Бихаћу, Крагујевцу и Бањалуци. Чланови Катедре су добитници седам Rufford Foundation грантова и три SYTHESYS пројекта и ангажовани су на великом броју домаћих и међународних пројеката у домену фундаменталне и примењене науке и популаризације науке.