Међу три кабинета у оквиру Лицеја, 1853. године формиран је и Зоологически кабинет. Зоологију и још неколико „јестаствених“ предмета у то време предавао је др Јосиф Панчић. Касније, од Зоолошког кабинета на Природно-математичком одсеку Филозофијског факултета, а од 1889. године у оквиру Јестаствено-хемијског одсека Филозофског факултета, поред предавања, по први пут у наставу је уведена и студентска пракса. То су биле прве институције које сматрамо претечама данашњег Института за зоологију.

Др Живојин Ђорђевић организовао је наставу и науку по угледу на најпознатије европске уни- верзитете тога времена. Поред опште зоологије, цитологије, хистологије и ембриологије, он по први пут уводи изучавање примењених наука (паразитологија, епидемиологија, рибарство, зоотехника). Увео је и практична вежбања и познавање микроскопских метода, техника и поступака, у оквиру прве биолошке истраживачко-научне лабораторије.

Почетком ХХ века формиран је Зоолошко-физиолошки завод који припада тек формираном Београдском Универзитету, 1905. године. Први светски рат је прекинуо све активности, велики број студената и професора су мобилисани, а књижни фонд Зоолошког завода, као и стручне збирке, делимично су уништени.

Завод је између два рата модернизован и уведене су нове области истраживања (хидробиологија, лимнологија), нове дисциплине (генетика, екологија), као и нови облици наставе. Наставне и научне активности су организоване у оквиру Катедре за зоологију у згради на Студентском тргу 3.

Први управник Зоолошког завода након Другог светског рата био је др Синиша Станковић. Од 1947. године Зоолошки завод функционише у оквиру Биолошког одсека Природно-математичког факултета Универзитета у Београду. Наредне, 1948. године се поново враћа у реконструисану зграду на Студентском тргу 3, у Београду, где се и данас налази. Организују се курсеви из предмета Упоредна морфологија и систематика инвертебрата, Упоредна морфологија и систематика хордата, Органска еволуција, Екологија и зоогеографија, који су се, уз осавремењавање садржаја и извесне измене у организацији градива, одржали све до данас. Постдипломске студије, у трајању од две године, уведене су 1956. године. Дипломирани биолози су се даље усавршавали из области екологије, зоопсихологије, ентомологије, пчеларства и динамике развића животиња.

На темељима првих фаунистичких, касније протозоолошких и ентомолошких истраживања др Јосифа Панчића и др Живојина Ђорђевића и њихових сарадника, озбиљнији научно-истраживачки рад у Зоолошком заводу започиње у првим деценијама након Другог светског рата. Под руководством др Синише Станковића, у тадашњем Заводу се одвија жива научна активност. Изучавање реликтне и ендемичне фауне, проблеми специјације, популационо-генетичка истраживања, зоосоциолошке студије, ембрионални ензимски механизми, само су део научних активности којима су се бавили наставници и асистенти у овом периоду.

Почетком седамдесетих година ХХ века, започиње нова ера некадашњег Зоолошког завода, који мења назив у Институт за зоологију. Институт представља једну од три функционалне јединице Одсека за биолошке науке у оквиру ПМФ. Долази до диференцијације научних дисциплина и њихове интеграције према сродности, па у том периоду у Институту функционишу четири катедре: Катедра за упоредну морфологију и систематику животиња (данас Катедра за морфологију, систематику и филогенију животиња); Катедра за екологију и географију животиња; Катедра за динамику развића животиња; и Катедра за еволуцију (данас Катедра за генетику и еволуцију). Поред поменутих, на Институту су касније оформљене још две катедре: Катедра за биологију ћелија и ткива (2008) и Катедра за зоологију бескичмењака и ентомологију (2010).

Институт за зоологију је од 1990. део Биолошког факултета – Универзитета у Београду. Катедре постају основне јединице организације наставних и научних активности, а велики број наставника и асистената су боравили у познатим научним центрима, широм света, ради усавршавања.

Данас Институт за зоологију чини 90 чланова колектива, од тога 16 редовних и 10 ванредних професора, 16 доцената, четири асистента, један научни саветник, четири виша научна сарадника, 13 научних сарадника, осам истраживача сарадника, шест истраживача приправника, као и 12 запослених из реда ненаставног особља. У настави на докторским студијама, ангажован је један гостујући професор. Од 2021. године, проф. др Жељко Томановић је дописни члан САНУ.

Научни рад на Институту се одвија из следећих научних области: Морфологија, систематика и филогенија животиња; Биологија ћелије и ткива; Биологија развића животиња; Генетика и еволуција; Екологија, биогеографија и заштита животне средине. У периоду 2012-2022, наставници и сарадници Института за зоологију су публиковали 2.758 радова са SCI листе. У Институту за зоологију налазе се следећи центри: Центар за биологију пчела, Центар за биоспелеологију, Центар за електронску микроскопију, Центар за генотипизацију риболовних ресурса и Центар за информације о биодиверзитету.

Након реновирања тзв. „таванског простора“ 2001. године, катедре су добиле опремљене лабораторије за научно-истраживачки рад и хладну комору и инкубатор за гајење инсеката. Институтске слушаонице за наставу су опремљене савременом техником и школским микроскопима, библиотека новим рачунарима па уједно служи и као рачунарска слушаоница. Од 2012. године у Институту су изграђене: PCR лабораторија, намењена за студенте мастер и докторских студија, лабораторија Центра за електронску микроскопију и лабораторија Центра за генотипизацију риболовних ресурса.

Библиотека Института за зоологију поседује велики број вредних и веома ретких дела. Најстарија књига потиче из 1790. године („Betrahtung uber die Natur“), а најстарија књига на српском језику је „Аналитички и систематски преглед животиња у Краљевини Србији, II део – Бескичмењаци“ из 1883. године. Постоји стални тренд увећања броја библиографских јединица, фонд се обнавља из средстава Факултета намењених унапређивању наставе, од научних пројеката, донацијама и сталном разменом са другим институцијама. Тренутно библиотека Института за зоологију располаже са 6.850 књига, односно 10.683 примерака књижне грађе, 435 научних часописа, 12.203 сепарата (500 сепарата је преведено у електронску форму), 1.290 дипломских радова и 210 мастер радова. Библиотека је део СОВ!55 система (http://www.vbs.rs) и тренутно у електронској бази поседује 2.982 записа.