Центар за биоспелеологију основан је 2002. године под називом Центар за биоспелеолошка истраживања југоисточне Европе, да би 2011. године променио назив у данашњи. Први руководилац центра, у периоду од 2002. до 2014. године био је проф. др Божидар Ћурчић. Од 2014. до 2021. центром је руководио проф. др Рајко Димитријевић, а од 2021. центром руководи доцент др Драган Антић.

Током свог постојања центар је организовао бројна биоспелеолошка истраживања на територији Србије, Балканског полуострва и Кавказа при чему је прикупљен значајан број таксона подземних зглавкара од којих су неки описани као нови таксони за науку, како на специјском тако и на супраспецијском нивоу. Чланови центра посебну пажњу придају заштити спелеолошких објеката и њихове фауне на територији Србије. Центар поседује и једну од највећих колекција фотографија подземних организама у региону. У рад центра, поред наставника и сарадника Биолошког факултета, укључени су и студенти основних, мастер и докторских студија, као и еминентни стручњаци из иностранства. Центар сарађује са биоспелеолошким и спелеолошким друштвима из земље и иностранства. Чланови центра учествују у презентацији и промоцији диверзитета и заштите пећинске фауне кроз израду инфо-паноа у пећинама, учешћем на домаћим и међународним конференцијама, као и публиковањем монографија и научних радова у домаћим и међународним часописима.